Фамилия Напханюкова привлекает внимание необычным звучанием и редким суффиксом. Это женская форма фамилии Напханюков, и её основа почти наверняка связана с тюркскими языками. Скорее всего, в её корне лежит слово «напхан» — искажённое «нафан» или «напан», что в некоторых тюркских диалектах означает «внук» или «потомок». Встречается и другая версия: от тюркского «нап» (честь, достоинство) с добавлением аффикса, указывающего на обладание. Обе гипотезы сходятся в одном: фамилия указывает на происхождение от человека, которого уважали за родственные связи или личные качества.

Суффикс «-юков» (в женском варианте «-юкова») — характерная черта фамилий, образованных от тюркских прозвищ или имён с помощью русского патронимического суффикса. Модель «основа + -юк + -ов» типична для регионов, где русские фамилии складывались под влиянием местных языков: Поволжья, Приуралья, Северного Кавказа. В данном случае «Напханюк» — это прозвище или уменьшительная форма имени, к которой добавили русский суффикс принадлежности. Такая гибридная структура говорит о том, что предки носителей фамилии жили на стыке культур — скорее всего, среди казачества или в среде, где смешивались славянские и тюркские традиции.

География фамилии узкая. Напханюковы встречаются в основном на Ставрополье, в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это указывает на возможную связь с абазинами или ногайцами — народами, у которых схожие по звучанию личные имена (например, Напхан) фиксировались ещё в XIX веке. В русские метрические книги фамилия попала, вероятно, в конце XIX — начале XX века, когда при переписях тюркские прозвища записывали на русский лад, добавляя окончания. Сословно предки могли быть крестьянами или казаками, но точных данных об этом нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Напханов, Напханюк — показывает, что вариант с «-юков» встречается реже. Это может говорить о том, что его носители происходят из одного конкретного рода или села, где прозвище закрепилось именно в такой форме. Если отбросить версию с «внуком», остаётся возможность, что корень связан с арабским «нафс» (душа), но для фамилий этот путь маловероятен: арабские заимствования в тюркских прозвищах обычно касаются религии, а не родства. Поэтому первая версия — от «напхан» как потомка — выглядит убедительнее.