Фамилия Напханько — редкий случай, когда географический акцент можно поставить почти сразу. По словообразовательной модели это типичная украинская фамилия с суффиксом -енк(о), который в старой записи мог передаваться и как -енко, и как -енько. Суффикс указывает на «малого» или «потомка»: Напханько — это буквально «маленький Напхань» или «сын Напханя». Основа здесь — прозвище Напхань, которое, скорее всего, образовано от глагола «напхати» (набить, натолкать). В украинских говорах «напханий» значит набитый, полный, а «напхань» — тот, кто напихан, набит, возможно, неповоротливый или плотный человек. Не исключено и более конкретное значение: прозвище могли дать тому, кто набивал мешки, тюки или занимался упаковкой товара.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским корнем «напхан» (честный, правдивый). Однако для украинской фамилии с типичным восточнославянским суффиксом эта гипотеза выглядит натянутой: тогда прозвище скорее закрепилось бы в форме Напхан, а не Напхань. Украинский суффикс -ань характерен для прозвищ, образованных от действий или качеств (например, Бурхань — от «бурхати», Стукань — от «стукати»), и Напхань в этот ряд вписывается органично.

Фамилия бытует почти исключительно на западе и в центре Украины: в Черкасской, Винницкой, Житомирской областях. В России встречается единично, чаще всего как результат миграции. Сословной привязки нет: носителями могли быть и казаки, и крестьяне, и мещане. Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкую основу, не перешедшую в массовые фамилии вроде Набитко или Набитый, и при этом не была переделана на русский лад (не стала Напханьковым). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в местности, где украинская ономастическая традиция оставалась устойчивой.