Фамилия Нашкенов — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская, и разбирать её стоит не с корня, а с географии. Если отбросить русский патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Нашкенов), остаётся корень Нашкен. Он явно восходит к личному имени или прозвищу Нашкен (или Нашкен-бай), которое бытует в казахской, башкирской и отчасти татарской среде.

Самый вероятный источник — тюркское имя Нашкен, где «наш» может означать «ласка», «нежность» (от древнетюркского naš), а «кен» — «широкий», «просторный» или в составе имён «начало», «первый». В сумме имя могло значить «ласковый, как простор» или «нежное начало» — типичная для кочевых культур поэтичная характеристика, которую давали ребёнку. Менее правдоподобна версия, что «наш» — это искажённое «нарын» (тонкий), но она не подтверждается фонетикой: в тюркских языках «ш» и «р» не смешиваются так легко.

Фамилия Нашкенов почти не встречается в центральных областях России, зато её носители компактно живут в Оренбургской области, Башкортостане и на западе Казахстана. Это подтверждает, что фамилию получили потомки человека по имени Нашкен, который жил в среде, где русская администрация или церковь записывала людей по отцу: «Нашкенов сын». Сословно это могли быть казаки, тептяри или государственные крестьяне из башкир и татар — в XIX веке многие из них получили фамилии именно по такому принципу.

С точки зрения словообразования фамилия архаична: суффикс -ов тут не маркер этничности, а калька с русской модели, наложенная на тюркское имя. В самой тюркской среде такой фамилии не возникло бы — там использовали бы окончание -улы/-кызы. Поэтому Нашкенов — яркий пример «гибридной» фамилии, возникшей на стыке культур при переходе к оседлости и паспортному учёту.