Фамилия Насупуин — редкий образец, где прозвищная основа сохранилась почти без изменений, а суффикс указывает на принадлежность. Разберём по порядку.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе «Насупу» добавили суффикс -ин, который означает «чей?» — то есть сын или потомок человека по прозвищу Насупа. В говорах «насупа» — человек угрюмый, насупленный, тот, кто ходит с нахмуренным лицом, «насупившись». Прозвище давали по характеру: нелюдимому, сердитому или просто задумчивому, кто постоянно сводил брови. Корень тот же, что в глаголе «супить» (хмурить) и слове «супиться».

Суффикс -ин, а не -ов, подсказывает, что основа оканчивалась на -а или -я. Прозвище Насупа — мужское, склоняемое как «воевода»: Насупа, Насупы, Насупе. От него и пошла фамилия: Насупин — «сын Насупы». Встречается и вариант написания через два «п» — Насуппин, но это, скорее всего, описка или диалектное удвоение согласного на стыке приставки и корня (на-суп-).

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Насупов встречается чаще — там основа на согласный (Насуп). А Насупуин — форма с характерным окончанием -ин, что для русского языка естественнее для прозвищ на -а. Географически фамилия редкая, но по данным современных справочников, носители встречаются в центральных и северных областях России, где диалектное слово «насупа» было в ходу.

Таким образом, предок носителя фамилии Насупуин — человек, которого в деревне прозвали Насупой за его привычку хмуриться или за суровый нрав. Никакой тайны тут нет, только живая народная наблюдательность, застывшая в фамилии.