Фамилия Натомин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Натомин послужило мирское имя Натома. Мирское имя Натома, скорее всего, этимологически связано с глаголом «натомить», то есть «довести до усталости, изнурить». В старину подобные имена обычно давали детям, появившимся на свет в результате трудных, долгих родов. Не исключено также, что мирское имя Натома выполняло «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. Согласно древнему обычаю, существовавшему на Руси, подобные имена присваивались детям с целью отвращения злых сил. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Натомой. Кроме того, существует предположение, что фамилия Натомин образована от прозвища Натома. Оно, в свою очередь, восходит к гидрониму и буквально означает «живущий на Томи». Томь – река в Сибири. Ее название, вероятно, ведет начало от кетского слова «тоом» - «река, вода». Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник Натоминых родился на берегу этой реки. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Натома, со временем получил фамилию Натомин. О точном месте и времени возникновения фамилии Натомин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Натомин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.