Фамилия Натуральникова — женская форма от Натуральников, фамилии довольно редкой и неочевидной по происхождению. В ней слышится что-то книжное или даже философское, но на самом деле корень, скорее всего, бытовой, а не отвлечённый.

Основа — слово «натуральный». Однако вряд ли предка прозвали так за приверженность природе или здоровому образу жизни. В русских говорах и в профессиональной среде XIX века «натуральным» нередко называли то, что не подделано, не разбавлено, сделано честно. Но самое вероятное объяснение лежит в области прозвищ, данных по роду занятий. В среде торговцев и ремесленников «натуральщиком» или «натуральным» могли назвать поставщика натуральных продуктов — молока, яиц, мяса, в отличие от торговца «колониальными» товарами (чаем, сахаром, пряностями). Такое прозвище мог получить крестьянин, который возил в город необработанное сырьё, или мелочной торговец на рынке.

Модель образования проста: прозвище Натуральный → отчество в форме притяжательного прилагательного Натуральников («чей?» — сын Натурального). Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -ый.

Географически фамилия редкая, встречается точечно. По данным открытых источников, носители Натуральниковых зафиксированы в центральных областях России, а также на Урале, что косвенно подтверждает связь с торговлей или отходничеством — крестьяне уходили на заработки в города и получали прозвища, закреплявшиеся затем как фамилии.

Версия о происхождении от фамилии Натуралист (от лат. natura — природа) маловероятна: суффикс -ист в русских фамилиях почти не встречается, а переход из «Натуралистов» в «Натуральниковых» потребовал бы искусственной переделки. Правдоподобнее, что перед нами прозвище, данное по конкретному товару или способу торговли, а не по абстрактному понятию.