Фамилия Наумочкина восходит к крестильному мужскому имени Наум, которое в переводе с древнееврейского языка означает «утешающий». В основе данной фамилии лежит производная форма этого имени - Наумочка. Покровителем этого имени является древнееврейский пророк Наум, предсказавший гибель Ниневии и написавший книгу об истории современной ему Палестины и древней Ассирии. Скорее всего, основатель рода Наумочкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Наумочка, со временем получил фамилию Наумочкин.