Фамилия Наумочкина образована от производной, уменьшительно-ласкательной формы крестильного имени Наум — Наумочка. Само имя Наум пришло из древнееврейского языка и означает «утешающий». Покровителем имени считается ветхозаветный пророк Наум, автор книги, в которой предсказана гибель Ниневии; его тексты — один из важных источников по истории Ассирии и Палестины того времени.

Модель образования здесь простая и прозрачная: к основе Наумочк- добавили типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такую форму обычно давали детям или младшим в семье, а затем она закреплялась за целым родом. Суффикс -ин в русских фамилиях встречается реже, чем -ов, и чаще связан с именами, оканчивающимися на гласный или мягкий согласный, что как раз и происходит в случае с Наумочкой.

Просторечный, домашний характер имени Наумочка почти наверняка говорит о том, что основатель рода Наумочкиных принадлежал к простому сословию — крестьянам, ремесленникам или посадским людям. В дворянской среде такие уменьшительные формы в качестве основы фамилии встречались значительно реже. Потомок человека по имени Наумочка со временем и получил фамилию Наумочкин, а её носительницы — форму Наумочкина.

Стоит заметить, что в основе фамилии лежит не каноническая, а именно обиходная форма имени, что делает её родственной другим «домашним» фамилиям вроде Наумов, Наумкин или Наумычев. Однако суффикс -очк- придаёт особый оттенок: он подчёркивает не просто сокращение, а ласковое, теплое обращение, которое могло закрепиться за человеком в его окружении.