Фамилия Науненко — редкий случай, когда суффикс, кажется, говорит сам за себя, а корень ставит в тупик. Модель образования прозрачна: -енко — типичный украинский патронимический суффикс, указывающий на происхождение от предка по имени или прозвищу. Но вот основа «Наун» не встречается ни в православных святцах, ни в распространённых славянских именах.

Здесь, скорее всего, перед нами не славянский, а заимствованный корень. Самая вероятная версия — немецкое или голландское имя Naun (Наун), которое могло попасть на Украину через переселенцев или служилых людей в XVII–XVIII веках. В немецком языке Naun — это вариант имени Nann, сокращённого от Johann (Иоганн). В украинской среде такое имя быстро адаптировали, добавив суффикса — и получилась фамилия Науненко, то есть «сын Науна».

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит местное прозвище. В некоторых говорах «наун» могло звучать как искажённое «наум» (от имени Наум) или как сокращение от «на унцию» (мера веса). Однако для украинской ономастики типичнее именно патроним от иноязычного имени, а не прозвище по весу или качеству.

Географически фамилия Науненко крайне редка. Она почти не встречается в центральных и западных областях Украины, но единичные носители фиксируются на юге и востоке — в зонах активных контактов с немецкими колонистами (Запорожье, Херсонщина). Это косвенно подтверждает версию о немецком корне.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. В России и Украине есть фамилии Наунов, Науменко, Наумов — все они восходят к имени Наум. Науненко стоит особняком: суффикс -енко при основе без «м» указывает на другой источник. Если бы предка звали Наум, мы бы получили Науменко или Наумович, а не Науненко. Таким образом, фамилия фиксирует не имя Наум, а именно Naun.

В итоге: носитель фамилии Науненко, скорее всего, потомок человека с немецким или голландским именем Наун, который оказался на украинских землях и чьи дети получили фамилию по отцу. Это не массовая, а локальная и довольно редкая фамилия, сохранившая след межкультурного контакта.