Фамилия Наушиев — редкий случай, когда географический маркер почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она образована от названия казахского рода Науши, входящего в состав племени Тама, одного из крупнейших в Младшем жузе. Основа «науши» (иногда «наушы») в тюркских языках означает «крикун», «глашатай» или «тот, кто зовёт», но в данном случае первичен не перевод, а родовое имя. Русский суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы) — стандартный способ адаптации тюркских фамилий в XIX–XX веках: Науши + ев = «потомок Науши».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища, связанного с русским словом «наушия» (часть шлема, закрывающая уши, или наушники у шапки). Если предок носил характерный головной убор или занимался их изготовлением, его могли прозвать Науший, а потомка — Наушиевым. Однако эта гипотеза слаба: в русских говорах слово «науши» почти не фиксируется как личное прозвище, а фамилия распространена не в центральных областях России, а в Поволжье и Приуралье, где сильны тюркские влияния.

По суффиксу фамилия не крестьянская и не дворянская — это типичная «фамилия второго порядка», которую массово давали при переписях и паспортизации в XIX веке. Носители Наушиевых — скорее всего, потомки казахов или татар, принявших русское подданство и получивших фамилию по родовому имени. Встречается она в Оренбургской, Астраханской областях и в Башкортостане.

Ударение в фамилии плавающее: в русской среде чаще говорят Нау́шиев, в тюркской — Науши́ев, что ближе к исходному произношению рода. Фамилия не имеет вариантов с двойным «с» или «шш» — написание устойчивое, что говорит о её позднем и канцелярском закреплении.