Фамилия Наушинов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а часть тела. Её образовали от прозвища Наухо или Науш, которое в древнерусских говорах давали человеку с заметными, оттопыренными или большими ушами. Основа «ух-» (ухо) с приставкой «на-» даёт слово «наухо» — то, что находится на ухе. От него через суффикс принадлежности -ин- получилось сначала прозвище Наушин, а затем, с помощью типичного русского суффикса -ов, — фамилия Наушинов. Суффикс -ов в данном случае указывает на прямое родство: «сын Наушина».

Словообразовательная цепочка здесь необычна. Большинство фамилий на -инов образуются от имён или прозвищ с суффиксом -ин (Иванов от Ивана, Петинов от Пети), но Наушинов — это двойная патронимическая приставка: сначала -ин (принадлежность к лицу), потом -ов (принадлежность к роду). Такая модель встречается редко и говорит о том, что прозвище Наушин закрепилось как родовое имя ещё в допетровскую эпоху, когда фамилии только начинали оформляться.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям. В переписях XIX века Наушиновы встречаются среди государственных крестьян Пензенской и Тамбовской губерний. Это были не дворяне и не купцы, а сельские жители, чьи прозвища часто носили бытовой, описательный характер. Прозвище Наухо могли дать не только из-за формы ушей, но и по привычке прислушиваться, подносить руку к уху — то есть человеку, который плохо слышал или, наоборот, обладал острым слухом.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный, нестоличный характер. Зато она хорошо вписывается в ряд однокоренных: Наушин, Наушкин, Наухов, Ухов, Ушаков. Все они построены по одной модели — от телесной приметы, которая в крестьянской среде была самым естественным способом выделить человека среди однофамильцев. Наушиновы, таким образом, потомки того самого «Науха» или «Науши», чьи уши запомнились соседям.