Фамилия Наутран — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение почти наверняка не русское, а прибалтийско-финское. Чтобы понять корень, достаточно произнести фамилию вслух: «Наутран» отчётливо распадается на основу «наутра» и суффикс -н.

Если отбросить конечное -н (которое могло возникнуть как вариант окончания при адаптации на русской почве), получаем слово «наута» или «наутра». В финском и карельском языках nauta означает «скот», «крупный рогатый скот», а nautra — это диалектная форма того же слова. Суффикс -н в фамилиях финно-угорского происхождения часто указывает на принадлежность: «относящийся к скоту», «скотный». Таким образом, прозвище Наутра могли дать пастуху, скотоводу или человеку, который держал много скота.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с финским глаголом nauttia — «наслаждаться», «пользоваться». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который жил в довольстве. Однако семантика «скот» для крестьянского прозвища гораздо естественнее и встречается во многих языках (ср. русские фамилии Скотников, Коровин).

Географически фамилия Наутран должна быть привязана к территориям, где исторически жили карелы, финны или ижора: Карельский перешеек, Приладожье, юго-запад современной Ленинградской области, а также Финляндия. На русском Севере и в Петербургской губернии такие фамилии оседали после переселений крестьян или в результате браков.

Словообразовательная модель проста: корень (наутра) + суффикс -н, который в финно-угорской традиции мог быть как прилагательным окончанием, так и частью фамильного суффикса, аналогичного русскому -ов. При переходе в русскую среду окончание -н закрепилось, и фамилия перестала склоняться по падежам, сохранив исходную форму. Встречается также вариант Наутра, без конечного -н, что подтверждает первичность основы.

Фамилия Наутран — не массовая, её носителей немного, и это как раз тот случай, когда по фамилии можно с высокой вероятностью определить конкретную этническую и профессиональную нишу предков: карельский или финский крестьянин, чей род занятий был связан с разведением скота.