Фамилия Наводнов образована от прозвища Наводный. Скорее всего, оно ведет свое начало от глагола «наводнять» - «затоплять, наполнять водой». Вероятно, это прозвище содержит указание на особенности места жительства человека. Основатель фамилии Наводнов мог жить недалеко от озера, реки, в низине или другом месте, которое часто затоплялось водой. Не исключено, что так прозвали человека, который в результате наводнения потерял свой дом, хозяйство. Согласно другой версии, прозвище Наводный этимологически связано со словом «наводка» в значении «наставление, направление, подсказка». В этом случае Наводным могли прозвать того, кто любил наставлять, поучать других людей. Так и прозвище Наводный закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Наводнов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Наводный, со временем получил фамилию Наводнов.