Фамилия Найдун ведет свое начало от прозвища Найда. В основе лежит украинское слово «найда» — так называли ребенка-подкидыша, найденного и взятого кем-то на воспитание. Прозвище закреплялось за человеком, которого в младенчестве обнаружили и приютили чужие люди, и со временем превратилось в наследственное семейное имя.

Форма Найдун образована по распространенной в украинской и южнорусской среде модели: к основе добавился суффикс -ун, который в восточнославянских говорах часто указывал на носителя признака или действия. Сравните с аналогичными по строению фамилиями Бегун, Молчун, Говорун — там суффикс также выделяет человека по характерному поведению или свойству. В случае с Найдун суффикс подчеркивает обстоятельство появления человека в семье: он тот, кого нашли.

Менее вероятно, что фамилия восходит к мирскому имени Найдун. Такие имена-обереги действительно встречались в старину: родители могли наречь ребенка «найденным» или «подкидышем», чтобы обмануть злых духов и уберечь его от болезней. Однако для фамилии Найдун основным источником все же стоит считать прозвище, возникшее из реальной жизненной ситуации, а не из охранительного имени.

Позже прозвище Найда, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Это типичная история для крестьянской среды, где прозвища нередко вытесняли церковные имена, особенно если человек был известен соседям именно под уличным именем.

В написании фамилии сохранился украинский след: окончание -ун вместо более частого русского -ов или -ин. Это указывает на территорию, где фамилия сформировалась, — вероятно, Левобережная Украина или южные русские губернии, граничащие с украинскими землями. Носители фамилии Найдун и сегодня встречаются преимущественно в этих регионах, хотя со временем она распространилась шире.

Отдельного внимания заслуживает тот факт, что фамилия не имеет отношения к слову «найденный» в современном его понимании — речь идет именно о подкидыше, а не о человеке, который что-то отыскал. Это различие важно, поскольку при поверхностном взгляде фамилию легко истолковать неверно.