Фамилия Найдюкова — женская форма мужской фамилии Найдюков. В её основе лежит личное имя или прозвище Найдюк. Это типичная восточнославянская модель: к основе на -юк прибавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Найдюка»). Сама основа Найдюк — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от имени Найден (каноническое Иоанн, но в народе осмысленное как «найденный»). Так в старину называли подкидыша или позднего, долгожданного ребёнка, которого «нашли» у Бога. Суффикс -юк характерен для западных и южных русских земель, а также для украинского и белорусского ономастикона, поэтому фамилия Найдюков (и Найдюкова) могла возникнуть на стыке этих территорий — например, в Брянской, Смоленской областях или на Кубани, куда переселялись малороссы.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с диалектным словом «найда» — так в некоторых говорах называли бродягу, проныру или того, кто хорошо ориентируется в лесу. В этом случае прозвище Найдюк мог получить человек с подобными качествами, а уже от него пошла фамилия. Однако церковное имя Найден было повсеместно распространено, поэтому антропонимический корень здесь первичен.

Фамилия редкая, не входит в число массовых русских фамилий. Встречается в основном на юге России и в центральных регионах, единичные носители зафиксированы в документах XVII–XVIII веков среди крестьян и однодворцев. Сословной элиты среди Найдюковых не было — это фамилия простых людей, чьи предки получили имя по случаю рождения.