Фамилия Нечкин происходит от уменьшительной формы древнего крестильного имени Нектарий. В переводе с греческого оно означает «нектар — напиток богов»: по мифам, его пили олимпийские божества, чтобы сохранять бессмертие и вечную юность. Гомер описывал нектар как напиток, напоминающий красное вино, со сладостным ароматом. Разливала его обычно Геба, богиня юности, хотя в более поздних версиях мифа эту роль иногда приписывали Ганимеду.

От полного церковного имени Нектарий в народной среде образовалось множество сокращённых и ласкательных форм. Одна из них — Нечка — и стала основой фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нечкин буквально означает «сын Нечки», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Нечкой.

В труде историка С. Б. Веселовского упоминается Нечка Локотаев, крестьянин, зафиксированный в 1613 году в Соли Вычегодской. Вполне вероятно, что именно он или его односельчане с таким же прозвищем стали родоначальниками Нечкиных. Это раннее упоминание показывает, что фамилия бытовала на Русском Севере уже в начале XVII века, задолго до того, как фамилии окончательно закрепились за крестьянскими родами.

Интересно, что имя Нектарий в православных святцах встречается нечасто, поэтому и фамилии от него относительно редки. Более распространённые однокоренные варианты — Нектарьев, Некрасов (хотя здесь корень уже другой, от «некрасивый»), а вот Нечкин сохранил именно ту уменьшительную форму, которая в живой речи звучала естественнее, чем полное имя. Таким образом, фамилия хранит память не о церковном каноне, а о повседневном, домашнем обращении к предку.