Фамилия Нечцнаева — редкий случай, где написание расходится с произношением и логикой словообразования. Скорее всего, перед нами искажённая запись фамилии Нечаева или Нечцаева. В русской ономастике суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Нечцнаев — это «чей?» — сын Нечцная. Но самого имени или прозвища «Нечцнай» не существует, а в основе явно лежит корень «неч» или «нещ».

Если отбросить опечатку, то исходная форма — Нечаев. Она образована от прозвища Нечай, которое в старину было нередким. Нечаем называли нежданного, запоздалого ребёнка (от «не чаять» — не ожидать). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель описана как типичная для имён-оберегов: считалось, что имя Нечай отведёт от ребёнка внимание злых сил, ведь его «не чаяли» — не ждали. Фамилия Нечаев широко распространена в центральной России и Поволжье.

Сложность с написанием «Нечцнаева» возникает из-за редкого сочетания «чц». Это может быть следствием диалектного произношения (цоканья) или ошибки переписчика в документах. В говорах, где «ч» и «ц» смешиваются, Нечай мог превратиться в Нецай. Отсюда — Нецнаев, а затем при письме «ц» заменили на «чц» по аналогии с другими словами. В любом случае, фамилия означает «сын того, кого не чаяли», а её носители, вероятно, происходят из крестьянской или мещанской среды, где такие прозвища были в ходу. Вариант с буквой «ц» указывает на возможную связь с южнорусскими или белорусскими говорами.