Фамилия Нечонаева — женская форма, а её мужской вариант — Нечонаев. Это довольно редкая фамилия, которая почти не встречается в центральных областях России, но имеет чёткую географическую привязку. Основной ареал её бытования — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край, а также Украина. Если вы встретили эту фамилию, скорее всего, её носители — потомки донских или кубанских казаков, либо крестьян, переселившихся на юг в XVIII–XIX веках.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) указывает на «сына» или «потомка» человека по имени или прозвищу Нечонай. Сама основа — глагол «не чонать». В южнорусских и украинских говорах «чонать» (или «чоняти») означает «нюхать», «обонять», «чуять». Соответственно, «не чонай» — буквально «не нюхай». Это типичное охранительное имя-прозвище, которое давали ребёнку в семье, где дети часто умирали в младенчестве. Считалось, что если назвать младенца «Нечонай» (то есть «не чуй, не привлекай внимания злых сил»), то смерть его не найдёт. Такая практика была распространена у восточных славян, особенно в крестьянской среде.

Слабая альтернативная версия связывает основу с диалектным «чон» — «чуб», «хохол». Тогда «нечонай» могло означать «нечубрый», то есть человек без чуба, с короткими волосами. Но эта гипотеза менее убедительна: охранительные имена от глаголов (Нечуй, Неждан, Ненаш) встречаются гораздо чаще, чем прозвища по отсутствию детали внешности.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что тоже характерно для южнорусских переселенческих фамилий, которые оформились позже, чем северные и центральные. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Нечонаевы встречаются в станицах области Войска Донского, а также в сёлах Харьковской и Екатеринославской губерний. Таким образом, основная версия происхождения — от охранительного прозвища Нечонай, данного ребёнку, чтобы обмануть болезнь или смерть.