Фамилия Недушкина — женская форма, мужская — Недушкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Недушка. «Недуг» в древнерусском языке означало «болезнь», «немощь», а уменьшительный суффикс -ушк- придавал слову ласкательный или снисходительный оттенок. Скорее всего, Недушкой называли слабого, болезненного ребёнка — такое имя давали как оберег, чтобы злые силы не позарились на «хворого» и настоящая болезнь обошла стороной. В крестьянской среде подобные охранительные имена были обычным делом.

Словообразовательная модель проста: к основе Недушк- прибавлен типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство: «чей?» — Недушкин, то есть сын или дочь Недушки. Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России — в архангельских, вятских, костромских говорах слово «недужий» (больной, слабый) было особенно употребительно.

Встречается и другая, менее вероятная версия: от слова «недушить» — не давить, не душить. Но такая трактовка не подкрепляется типичной для русских фамилий семантикой: прозвища с отрицанием «не-» обычно обозначали поведение или внешность (Некрас, Несмеян), а не действие. Поэтому связь с «недугом» остаётся основной.

Ударение в фамилии падает на второй слог: Неду́шкина. Вариант с ударением на «у» (Неду́шка) встречается реже и может указывать на местный говор. Фамилия редкая, в списках частотности не поднимается выше второй сотни тысяч — её носители чаще всего коренные жители Русского Севера или Поволжья, где и сейчас можно встретить деревни с названием Недушково.