Фамилия Недушкин образована от мирского имени Недушка — так в старину могли назвать сына, желая уберечь его от злых сил. Само имя — уменьшительная форма нецерковного имени Недух, а оно, в свою очередь, построено по древней славянской модели с отрицательной приставкой «не-»: Некрас, Ненаш, Немил. Такие имена выполняли роль оберега: считалось, что злые духи не позарятся на ребёнка с «плохим» именем и обойдут его стороной.

Корень здесь — «дух», и это слово в народном сознании было многозначным. Духами называли и бесплотных покровителей дома и природы, и леших с водяными, и умерших предков. Но была и другая грань: «человек с духом» — значит стойкий, смелый, готовый к действию. Надеясь вырастить именно такого — доброго, отважного и здорового — мальчика, родители и давали ему имя Недушка.

Есть и вторая версия, западнославянская. В чешском языке слово neduh означает «болезнь, недуг». Если принять эту связь, то имя Недух могло быть не оберегом от духов, а оберегом от хворей: назовёшь ребёнка Болезнью — и настоящая болезнь пройдёт мимо.

Реже упоминают возможность связи с церковным именем Неадий, в честь праведного Неадия Чудотворца, но эта гипотеза выглядит менее убедительной: форма Недушка явно тяготеет к народной, мирской традиции именования.

Как бы то ни было, потомок человека по имени Недушка со временем получил фамилию Недушкин. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: буквально «сын Недушки». Такая модель — самая распространённая в русских фамилиях, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.