Фамилия Неграфонтов — редкий случай, когда просторечная народная форма церковного имени полностью вытеснила в фамилии его литературный вариант. В основе лежит мужское крестильное имя Евграф, которое переводят с греческого как «писаный красавец» или «хорошо пишущий». От полного Евграфа образовалась просторечная форма Неграфонт — так имя звучало в живой речи, где начальное «Ев» редуцировалось до «Не», а конечное «-граф» обрастало дополнительным слогом «-онт».

Интересно, что фамилия сохранила именно этот, «народный», след. Если бы предки записывались по церковным книгам строго, мы бы имели дело с фамилией Евграфов. Но Неграфонтов — живое свидетельство того, как имя бытовало в повседневности, в разговоре, а не в документах. Суффикс «-ов» указывает на типичную модель русских фамилий: потомок человека по имени Неграфонт становился Неграфонтовым.

Имя Евграф носил раннехристианский святой, пострадавший за веру при императоре Максимине в начале IV века. На Руси имя не было частым, но встречалось в среде духовенства и образованных горожан, которые ценили его «книжное» звучание. Однако в крестьянской и мещанской среде оно быстро обрастало просторечными вариантами — отсюда и Неграфонт.

Сама фамилия крайне редкая. В современных справочниках она почти не фиксируется, что делает её настоящей ономастической редкостью. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из семей, где имя Евграф передавалось по наследству в течение нескольких поколений, пока не закрепилось в фамилии именно в разговорной форме.