Фамилия Неграфонтов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Неграфонтов послужило имя Неграфонт. Фамилия Неграфонтов восходит к мужскому крестильному имени Евграф, которое в переводе с греческого означает «писаный красавец». Основой же для фамилии послужила его просторечная форма Неграфонт. Одним из покровителей этого имени считается святой Евграф, пострадавший за веру во Христа при императоре Максимине (305 - 313). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Неграфонт, со временем получил фамилию Неграфонтов. О точном месте и времени возникновения фамилии Неграфонтов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Неграфонтов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.