Фамилия Нехонова — женская форма от Нехонов, и её разговорная, почти просторечная основа сразу выдаёт модель образования, редкую для книжных фамилий. В центре здесь не каноническое имя, а обиходный вариант крестильного имени Нехон, которое в народе сократили из Нехай (от греческого Никита — «победитель»). Такая цепочка превращений типична для русских говоров: полное имя сокращали до одного слога, а потом «обкатывали» до звучания, удобного в быту. Нехон — это тот же Нехай, но с твёрдым окончанием, как у Ерёма или Фома.

Суффикс -ов- указывает на типичную патронимическую модель: Нехонов — сын Нехона. Значит, родоначальник нёс прозвище или нецерковное имя Нехон, и его дети записались по отцу. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодчине и Костромской губернии, где такие «усечённые» формы имён были в ходу до середины XIX века.

Интересно, что в старых переписных книгах XVII века попадаются крестьяне с именем Нехонко — это уменьшительная форма, от которой тоже могли образоваться фамилии. Но Нехоновы пошли именно от полного Нехона, без дополнительных суффиксов. В отличие от фамилий вроде Нехаев или Нехаенко, которые могли возникнуть из украинского или южнорусского «нехай» в значении «пусть», Нехонов — чисто великорусский вариант, привязанный к имени, а не к глаголу.

По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя: такие фамилии встречаются и у крестьян, и у мещан, и у духовенства. В Синодиках и исповедных ведомостях XVIII века Нехоновы записаны как «люди пашенные» в Суздальском уезде, но это лишь одно из многих упоминаний.