Фамилия Нехрестов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а прямое бытовое прозвище. Её смысл прозрачен и не требует сложных этимологических реконструкций: «не хрестов» — то есть не крещён, не христианин. Так могли прозвать человека, который по каким-то причинам не принял крещение, остался вне церковной общины. В среде русских крестьян, где религиозная принадлежность была обязательной и определяла социальный статус, такое прозвище звучало резко и выделяло человека из общей массы.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Нехрест (с усечением частицы «не» и согласованием) плюс притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность потомку этого человека. То есть Нехрестов буквально означает «сын Нехреста». По той же модели возникли фамилии Неверов, Некрасов, Нелюбов — все они фиксируют отрицательное качество или положение, которое стало родовым именем.

В ономастической литературе такие «отрицательные» фамилии рассматривают как следствие охранительной магии или просто фиксации яркой черты. Однако в случае Нехрестов версия с охранительным именем (чтобы ребёнка не сглазили) кажется менее убедительной: называть младенца «некрещёным» было бы слишком рискованно и кощунственно. Правдоподобнее, что прозвище получил взрослый человек — возможно, старовер, отказавшийся от официального крещения, или пришлый иноверец, живший в православной среде.

Сведений о географической приуроченности фамилии в открытых источниках мало, но по общему принципу можно предположить, что она встречается в регионах с сильным старообрядческим влиянием — в Поволжье, на Урале, в Сибири. Фамилия остаётся редкой, что подтверждает её узкое, локальное происхождение: прозвище, данное одному человеку в конкретном селе, редко становилось массовым.