Фамилия Некрестов — редкий случай, когда в основе лежит не профессия, не географическое название и не личное имя, а, скорее всего, прозвище, связанное с христианской символикой. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Некреста), а корень «крест» отсылает к кресту. Отрицательная частица «не» в прозвище могла означать либо «не имеющий креста» (в переносном смысле — некрещёный, иноверец или же просто человек, не носящий нательный крест), либо, что более вероятно, «не почитающий крест» — прозвище, данное с неодобрением.

В русской ономастике такие «отрицательные» фамилии встречаются, но нечасто. Сравните с фамилиями Некрасов (от прозвища Некрас — «некрасивый») или Неверов (от Невер — «неверующий» или, реже, «неверный» в бытовом смысле). В случае с Некрестовым прозвище могло закрепиться за человеком, который в глазах окружающих демонстрировал пренебрежение к церковным обычаям — например, не крестился, не ходил в храм или имел конфликт с приходским священником. В крестьянской среде, где обрядность была частью повседневной жизни, такое поведение сразу бросалось в глаза и давало повод для яркого прозвища.

Есть и другая, более нейтральная версия: прозвище Некрест могло быть образовано не от существительного «крест», а от глагольной формы «не крестит» — то есть человек, который не крестит (не осеняет крестным знамением) детей или не крестится сам. Однако эта гипотеза слабее: в русских говорах фамилии от глагольных основ с частицей «не» почти не образуются напрямую, обычно в основе лежит уже готовое прозвище-существительное.

Географически фамилия Некрестов — редкая. В дореволюционных переписях она фиксируется спорадически, в основном на юге России и в Поволжье, где было больше контактов с неправославным населением (старообрядцы, татары, калмыки). Возможно, прозвище Некрест давали не только «своим», но и иноземцам, которые не принимали крещение. Однако однозначно утверждать это нельзя: прямых документальных свидетельств о происхождении фамилии нет.

По сословной принадлежности Некрестовы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не известно, в родословных книгах она не значится. Суффикс -ов типичен для центральной и южной России, где фамилии на -ов носили податные сословия.

В современной России фамилия Некрестов встречается крайне редко, в основном в единичных семьях. Это тот случай, когда фамилия сохранила память о необычном прозвище, которое вряд ли давали без причины — за ним стоит либо особенность характера, либо конкретный жизненный эпизод, либо религиозная позиция предка.