Фамилия Неккин — редкая и неочевидная по корню. Если отбросить суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?»), остаётся основа «Некк». В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образуются от имён или прозвищ на -а, -я (Гаврила — Гаврилин, Неждана — Нежданин). Значит, в основе лежало прозвище или некалендарное имя Некка.

Что могло значить это слово? Самая вероятная версия — диалектное «нека» или «нёка», то есть «неумелый, неловкий человек, растяпа». В северных и сибирских говорах «нёкать» означало «делать кое-как, небрежно». Прозвище Некка могли дать нерасторопному работнику или ребёнку, который всё ронял. Менее вероятна связь с финно-угорскими языками (от «некки» — «племянник» или «мальчик»), но для центральной России это маловероятно — фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, где пересекались русские и финские диалекты.

Интересная деталь: фамилия Неккин могла возникнуть и как фонетический вариант фамилии Некрасов или Неклюдов. В старых переписях иногда писали «Неккин» вместо «Некрасов», сокращая длинное прозвище на слух. Но это лишь гипотеза — прямых подтверждений в документах нет.

Суффикс -ин указывает, что фамилия сформировалась в крестьянской или посадской среде, где отчества с этим суффиксом были нормой. Носителей фамилии Неккин в современной России единицы — по открытым базам данных, их меньше сотни. Основные очаги — Кировская область и Удмуртия, что косвенно подтверждает связь с северным говором.