Фамилия Некин — один из тех случаев, когда привычное окончание -ин может ввести в заблуждение. Подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от основ на -а/-я (Иван — Иванов, но Ильин, Пушкин). Здесь же основа заканчивается на твёрдый согласный, что делает фамилию редкой с точки зрения словообразовательной модели.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища или имени Нека. Это могла быть краткая форма от неканонического имени Некрас (в старину имя Некрас давали с пожеланием, чтобы ребёнок вырос красивым — от обратного). Или же от Неклюд (неклюжий, неуклюжий). В обоих случаях основа «не-» выступала как отрицательная частица, слившаяся с корнем. Таким образом, Нека — это человек, которого в детстве звали «некрасивым» или «неуклюжим» в качестве охранительного имени.

Другая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным словом «некать» — мямлить, говорить невнятно. В некоторых говорах «нека» — это заика или человек, который вместо прямого ответа тянет «не-не-не». Прозвище Нека могли дать неразговорчивому или косноязычному человеку. Эта версия правдоподобна для северных и сибирских говоров, где фиксировались подобные слова.

Географически фамилия Некин редкая. Она встречается в центральных областях России, но без ярко выраженного гнезда. В отличие от массовых фамилий вроде Некрасов (от того же корня, но с полной формой имени), Некин осталась на периферии — возможно, потому, что исходное прозвище не было широко распространено в письменных источниках.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Некины — это, скорее всего, потомки одного человека по прозвищу Нека, а не целого рода. В метрических книгах XIX века фамилия могла записываться как Некин или Неккин (с удвоенной «к»), что отражает колебания в произношении. Если ваш предок был Некиным, с большой вероятностью он происходил из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давались по внешности или манере говорить.