Фамилия Некко звучит нехарактерно для русской ономастики и почти наверняка имеет иноязычные корни. В русском языке нет исконной модели, по которой образовалась бы фамилия с таким финалом: типичные русские фамилии заканчиваются на -ов, -ев, -ин, -ский, -их, -ых или, реже, на -о (как украинские). Окончание -о здесь может указывать на украинское или белорусское происхождение, но основа «Некк-» в славянских языках отсутствует.

Самая вероятная версия — итальянское происхождение. В Италии фамилия Neco или Nekko встречается, хоть и не повсеместно. Она может восходить к личному имени Neco (уменьшительная форма от Domenico или Nicola) либо к прозвищу, связанному с диалектным словом «necco» — в некоторых итальянских говорах так называли человека с необычной походкой или хромого. Другая возможность — топонимическая: в Италии есть несколько крошечных населённых пунктов с похожими названиями, и фамилия могла образоваться от места, откуда родом был предок.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими языками, например с карельским или вепсским, где слово «nekko» может означать «нос» или «клюв» и использоваться как прозвище для человека с заметным носом. Однако в этом случае фамилия в России скорее получила бы русский суффикс и выглядела как Некков или Неккин. Форма Некко без изменений — признак более позднего заимствования либо сохранения исходного иноязычного облика.

Фамилия Некко крайне редка на постсоветском пространстве. В современных базах данных её носители встречаются единично, в основном в крупных городах. С уверенностью можно сказать лишь одно: фамилия не славянская по происхождению, а её носители, скорее всего, имеют итальянские или, в порядке исключения, прибалтийско-финские корни.