Фамилия Некина — женская форма, а её мужской вариант — Некин. В основе лежит неканоническое имя или прозвище Нека. В русской ономастике имена с отрицанием «не» были редки, но встречались: Неждан, Некрас, Нелюб. Нека могло быть уменьшительным от таких имён или самостоятельным прозвищем, которое давали ребёнку с пожеланием «неканья» — то есть чтобы он не капризничал, не плакал, был смирным. В бытовой речи «некать» означало говорить «нет», упрямиться, и прозвище Нека мог получить человек своенравный, любящий отказывать.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Некин сын, Некина дочь. Модель образования типична для русских фамилий от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия фиксируется в центральных и северных регионах России, особенно в бывших новгородских землях и Вологодчине, где такие прозвищные формы были распространены. Встречается и вариант Неккин — с удвоенной согласной, но он гораздо реже.

Другая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «нека» — так в некоторых говорах называли нечистую силу или недоброго человека. Но прозвища с отрицательной коннотацией (Некрас, Немил) часто давали как обереги — чтобы злые духи не позарились на ребёнка. В этом случае Нека могло быть охранительным именем. На письме фамилия встречается с конца XVII века: в переписных книгах Вологды упоминаются крестьяне Некины, что подтверждает её давнюю бытовую основу.