Фамилия Неклеенова (и её вариант Неклеёнова) образована от мирского имени или прозвища Неклееный. В основе лежит глагол «клеить», но у него в народной речи было два разных смысла, и от этого зависят две версии происхождения.

Первая трактовка связана со значением «ладить дело, устраивать, улаживать». В этом случае имя Неклееный относится к охранительным именованиям. Нарекая младенца Неклееным, родные словно страховали его от неудач: считалось, что такое имя поможет, чтобы всё в жизни спорилось и получалось, чтобы дело «клеилось». Это распространённый приём — дать ребёнку имя с отрицанием, чтобы обмануть злые силы и пожелать обратного смыслу корня.

Вторая версия отталкивается от другого оттенка того же глагола — «липнуть, прилипать». Тогда Неклееным называли человека ненавязчивого, воспитанного, который не «прилипает» к людям и не докучает. Прозвище могло закрепиться за обладателем спокойного характера и перейти к его потомкам.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Неклеен- добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей-то потомок»). То есть Неклеенов — сын, внук или дальний потомок человека по имени или прозвищу Неклееный.

В документах фамилия встречается с двумя написаниями: через «е» и через «ё». Вариант Неклеёнов более точно передаёт произношение, но на письме букву «ё» часто заменяли на «е», поэтому обе формы — это одна и та же фамилия, а не разные роды.

Представители этой фамилии жили в Башкирии. В Книге памяти Республики Башкортостан упоминаются Архип Лазаревич Неклеенов, родившийся в 1881 году в селе Усень-Ивановское Белебеевского района, Илларион Карпович Неклеенов 1897 года рождения оттуда же, а также Кондратий Елизарьевич Неклеенов, родившийся в 1865 году в селе Верхнетроицкое Туймазинского района. Эти записи показывают, что к концу XIX века фамилия уже прочно закрепилась в крестьянской среде приуральских сёл.