Фамилия Некрашис — редкий случай, когда русская по происхождению основа получила литовское оформление. Её ядро — древнерусское нецерковное имя Некрас, которое в прямом смысле значило «некрасивый». В языческой традиции такое имя давали как оберег: считалось, что если назвать ребёнка Некрасом, злые духи не позарятся на него, а настоящая красота останется при нём. От этого имени образована масса русских фамилий — Некрасов, Некрашевич, Некрашин. Фамилия Некрашис стоит в том же ряду, но с иным суффиксом.

Суффикс -ис (в оригинале -is) — типично литовский показатель мужского рода в фамилиях. Он указывает на то, что носитель фамилии или его предок жил на территории Великого княжества Литовского, где русское имя Некрас адаптировали по местной грамматической модели. Такие фамилии нередки в белорусско-литовском пограничье: русское имя или прозвище брали за основу, а к нему добавляли литовский патронимический суффикс. Получалась гибридная форма, закреплявшаяся в документах Речи Посполитой.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Некрас (прозвище-оберег) → Некрашис (буквально «сын Некраса» или «человек из рода Некраса»). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог — Не́крашис, что соответствует литовской акцентуации. В русском языке её могут произносить иначе, но исходная форма тяготеет к литовскому ритму.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не упоминается — она слишком локальна. Однако по модели образования она абсолютно прозрачна и не требует сложных гипотез. Споров здесь нет: корень общеславянский, суффикс балтский. Единственная альтернатива — если фамилия восходит не к имени Некрас, а к прозвищу Некрашис (например, так могли назвать человека с необычной внешностью в литовской деревне), но это маловероятно: прозвища редко закреплялись с патронимическим суффиксом -is без промежуточного имени.

Носители фамилии Некрашис сегодня встречаются в основном в Литве, а также среди потомков литовских переселенцев в Латвии, Беларуси и России. В метрических книгах XIX века её можно найти в Виленской и Ковенской губерниях. Сословного барьера у фамилии не было: её носили и крестьяне, и мещане, и мелкая шляхта — в Литве фамилии на -is не давали привилегий, а просто указывали на этническую принадлежность.