Фамилия Немокаев — редкий случай, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений. Её основа — древнерусское нецерковное имя или прозвище Немокай, образованное от глагола «мокнуть» с отрицательной частицей «не». Буквально: «тот, кто не мокнет» — человек, который не промокает, не боится воды, возможно, бывалый моряк, рыбак или просто тот, кто не поддается сырости и хвори. Модель типична для восточнославянских фамилий на -ев, которые возникали от имён на -ай: Немокай → Немокаев («чей?» — сын или потомок Немокая). Суффикс -ев, а не -ов, указывает на мягкую основу (Немокай) — это согласуется с правилами русской орфографии.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем, где «немок» мог означать что-то вроде «немой» или «молчаливый». Но для русской ономастики первое объяснение надёжнее: фамилия чисто славянская по словообразованию, а корень «мок-» хорошо известен в диалектах. Географически Немокаевы встречаются преимущественно в центральной России и Поволжье — областях, где развито рыболовство и речное хозяйство. Крестьянин или рыбак, получивший такое прозвище за стойкость, мог закрепить его за своими детьми.

В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, но не массово. Среди носителей нет известных исторических деятелей — это фамилия простого сословия, крестьянского или мещанского. Сравните с однокоренными: Немокрин, Немокрота — все они образованы по той же модели: отрицание «не» плюс глагол или прилагательное, описывающее устойчивость к чему-либо. Немокаев — одна из самых прозрачных по смыслу: вы сразу понимаете, что предок не мок, и это не метафора, а прямое наблюдение.