Фамилия Ненайдин — один из тех случаев, когда прозвище перешло в наследство буквально, без изменений, и спустя века звучит как короткий рассказ. В её основе лежит глагол «найти» с отрицательной частицей «не». Исходное прозвище — Ненайда, то есть «ненайденный», «не найденный». Так в старину могли назвать ребёнка, родившегося у матери уже в зрелом возрасте или после долгого отсутствия детей: считалось, что такое имя-оберег обманет нечистую силу, которая якобы не сможет «найти» дитя. Впрочем, возможен и более бытовой сценарий — прозвище Ненайда мог получить человек, которого долго не могли разыскать, например, непоседливый работник или беглый крестьянин.

Фамилия образована по древнейшей восточнославянской модели: к основе прозвища добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Ненайдин, то есть сын Ненайды. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я, и в этом плане Ненайдин стоит в одном ряду с Путятиным, Смирниным или Шишкиным.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам: чаще всего она встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины (Сумская, Харьковская области). В списках однодворцев и казаков XVII–XVIII веков такие прозвища не редкость, что указывает на простое, недворянское происхождение большинства носителей. В официальные родословные книги фамилия не попала, и её носители, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию.

Стоит отметить, что фамилия Ненайдин — не единичная в своей группе. Существуют однокоренные Ненашев (от прозвища Ненаш — «не наш») и Ненахов (от Ненаха — «не находчивый»). Все они построены по схожему принципу отрицания, и все они — живые свидетельства того, как имя-оберег или бытовая характеристика становились фамильным знаком. В отличие от распространённых «позитивных» фамилий вроде Счастливцевых или Добрыниных, Ненайдин сохранил отпечаток суеверной или ироничной народной логики, которая не боялась называть вещи своими именами.