Фамилия Непейкова — женская форма фамилии Непейков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или некалендарным именем Непейко. В основе лежит глагол «пить» с отрицательной частицей «не». Такие составные прозвища, начинающиеся на «не-» (Нелюб, Незван, Непей), были распространены в древнерусской антропонимии и часто выполняли роль оберега: считалось, что имя-отрицание отпугивает злых духов или нежелательную судьбу. Непейко могли дать человеку, который не пил хмельного, либо, напротив, иронично — тому, кто пил слишком много.

Суффикс «-ко» в основе — типичный для украинских, белорусских и южнорусских прозвищ, особенно на территории бывшей Слобожанщины и Черниговщины. Этот уменьшительно-ласкательный формант превращал характеристику в фамильное прозвище: Непейко — «тот, кто не пьёт» или «непьющий человек». Далее фамилия образовалась по стандартной модели: от прозвища Непейко через притяжательный суффикс «-ов» (чей? — Непейков) и окончание женского рода «-а». Таким образом, Непейкова буквально означает «жена или дочь Непейко».

Интересная деталь: фамилия Непейков (и её женская форма) может быть связана не только с питьём, но и с более древним значением глагола «пить» — «впитывать влагу», «напитываться». В некоторых диалектах «непей» называли непромокаемую ткань или человека, который не промокает. Однако эта версия менее распространена, и ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склоняются к прямому толкованию как прозвища по отношению к алкоголю.

Географически фамилия чаще встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также на востоке Украины. Это подтверждает южнорусский след: суффикс «-ко» в основе и модель образования через «-ов» характерны именно для этого региона. Встречаются также варианты Непейко, Непейков (без суффикса «-ко»), но Непейкова — одна из наиболее устойчивых форм.

Сословно фамилия не элитарная: носители чаще всего были крестьянами или однодворцами (особая категория служилых людей на южных границах). В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания Непейковых среди казаков и пахотных солдат, что подтверждает их непривилегированное, но не бесправное положение. Никаких знаменитых исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий такого типа — они оставались локальными, не выходя за пределы своего уезда.