Фамилия Непоту — редкий пример, где сразу бросается в глаза необычная конструкция. В русских фамилиях редко встречается корень, начинающийся с отрицательной частицы «не», и почти никогда — с окончанием на гласную. Это сразу подсказывает, что перед нами не типичная русская фамилия, образованная по модели «отчество + суффикс».

Скорее всего, фамилия Непоту — это русифицированный вариант украинской, белорусской или польской фамилии, которая в оригинале звучала иначе. Наиболее вероятная основа — украинское или белорусское прозвище «Непотуха» или «Непотік». Корень «пот» (в значении «потеть», «труд») с отрицанием «не» мог означать человека, который не любит работать, ленив. В украинском языке есть слово «непотріб» (ненужный, бесполезный), и фамилия могла возникнуть из похожего по смыслу прозвища «Непотібний». В таком случае Непоту — это усечённая форма, которая при переезде в Россию или при записи в документы потеряла окончание.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла произойти от литовского или латышского корня. В балтийских языках есть слово «nepotas» — «непотопляемый» или «неуязвимый». Если предки носителя фамилии были из западных губерний Российской империи (современные Литва, Латвия), то фамилия могла быть записана на слух как Непоту.

Географически фамилия Непоту встречается в основном на юге России и в центральных областях Украины. В дореволюционных справочниках она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это фамилия крестьянского или мещанского сословия, возникшая в XIX веке при массовом присвоении фамилий бывшим крепостным. Суффикс отсутствует, что нетипично для русских фамилий, но характерно для украинских прозвищ, которые при переписи записывали в исходной форме.

Однокоренные фамилии — Непот, Непота, Непотин, Непотько — встречаются чаще, но все они редкие. Непоту — одна из самых компактных и необычных по звучанию фамилий в этой группе.