Фамилия Непота — редкая и неочевидная. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, поэтому на первый взгляд кажется, что перед нами застывшая форма древнего прозвища. Чаще всего такие фамилии оставляли без изменений, если их основа была понятна и без родового окончания.

Скорее всего, в основе лежит слово «непот» или «непота». В русских говорах «непот» — это неряшливый, неопрятный человек, грязнуля. В словаре Даля зафиксировано именно такое значение: неопрятный, замарашка. Прозвище Непота могли дать небрежному в одежде или в работе человеку. Фамилия образовалась напрямую от этого прозвища без дополнительных суффиксов — по так называемой «нулевой» модели. Встречаются и однокоренные варианты: Непотин, Непотов.

Есть и другая, менее вероятная версия. В церковнославянском языке «непот» означало «племянник» (от греческого «непос»). Однако в бытовой речи это слово почти не использовалось, и вряд ли прозвище дали по родству — для этого были более ходовые слова «племяш», «сестрич». Поэтому версия с «неряхой» куда правдоподобнее.

Непота — фамилия редкая, географически привязана в основном к южнорусским и украинским областям, где говоры сохранили слово «непот» в активном употреблении. Встречается она и в старых переписных книгах, но массового распространения не получила: прозвище было нелестным, и носители при первой возможности меняли его на более благозвучное или русифицировали через суффиксы.

Таким образом, фамилия Непота — прямое свидетельство того, как меткое, но неодобрительное прозвище закрепилось за родом безо всяких грамматических «украшений». Предок носителя такой фамилии, скорее всего, получил её за неопрятный вид или небрежность в хозяйстве.