Фамилия Непурина — редкий пример, где необычный корень сочетается с типичным русским суффиксом. Она образована по самой распространённой модели: основа прозвища или имени плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «чей?» — сын Непуры, внук Непуры. В центре внимания оказывается само слово «непура».

Основное значение этого слова в русских говорах — «неряха, неопрятный человек» (от «непуть» или «непутевый», с тем же корнем, что и «пура» — в некоторых диалектах так называли нечистоплотную женщину). Прозвище Непура могли дать небрежному, неаккуратному человеку. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых регионах «непурой» называли непоседливого, суетливого ребёнка — то есть прозвище могло описывать не столько внешний вид, сколько характер. Обе версии правдоподобны, но первая (неряха) встречается в источниках чаще и фиксируется в словаре русских народных говоров.

Географически фамилия тяготеет к северным и вологодским землям. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Непура в Вологодском уезде, что подтверждает диалектную природу корня. Возможно, когда-то существовало и некалендарное имя Непура, которое давали ребёнку как оберег от нечистоты или беспорядка в доме — верили, что имя-прозвище защитит от того качества, которое называет.

Интересная деталь: у фамилии Непурина есть «родственники» с тем же корнем — Непурин, Непуров, а также более редкая форма Непуринский, где суффикс -ский указывает на дворянское или географическое происхождение. Но Непурина — чисто крестьянская, патронимическая фамилия, без претензий на сословную исключительность. В современной России она встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждый носитель может проследить свою линию до конкретного предка-прозвища, а не до массового имени.