Фамилия Непутина — редкий случай, когда основа читается как отрицание: «не путин». Но связывать её напрямую с известной политической фамилией было бы ошибкой. В русской ономастике приставка не- в прозвищах и фамилиях работала иначе: она не столько отрицала, сколько подчёркивала противоположное качество или указывала на чужеродность, непохожесть. Например, Некрасов — не красивый, а наоборот, очень некрасивый; Невзоров — не видный, то есть неказистый. По той же модели возникло прозвище Непута, от которого и пошла фамилия Непутин.

Разберём основу. Глагол «путать» в древнерусском имел широкий спектр значений: сбивать с толку, мешать, приводить в беспорядок, а также «путаться» — вступать в беспорядочные связи, блуждать. Прозвище Непута, скорее всего, давали человеку, который не поддавался путанице — то есть был ясным, прямым, решительным. Либо, наоборот, тому, кто сам всё путал: непута — «тот, кто не путает» звучит как ирония, означающая «путаник». Первый вариант правдоподобнее: отрицание не- часто образовывало прозвища-обереги или прозвища-антитезы. Человека с запутанными делами скорее назвали бы Пута, а Непута — это тот, кто «не путает», то есть не создаёт хаоса.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Непутин — «сын Непуты» или «человек из дома Непуты». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Встречаемость фамилии Непутин (и её женской формы Непутина) невысока, она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Это крестьянская или мещанская фамилия, вероятно, закрепившаяся в каком-то одном регионе — например, в бывших новгородских землях или на Урале, где прозвища с не- встречаются чаще.

Интересно, что фамилия не имеет однокоренных «знаменитых» вариантов вроде Путин или Путилин. Это говорит о том, что прозвище Непута было локальным и не дало множества ответвлений. Если искать параллели, то ближе всех стоит фамилия Непутящий — от «непутёвый», но здесь другая модель образования. Непутина же остаётся одной из тех фамилий, где прозвище-противопоставление сохранилось почти без изменений, не обросло дополнительными суффиксами и не переосмыслено в новое время.