Основой фамилии Непутин послужило мирское имя Непутя. Фамилия Непутин образована от мирского имени Непутя, которое восходит к прилагательному «непутёвый», то есть «легкомысленный, неприспособленный, взбалмошный, разгульный». Для того чтобы не искушать судьбу и отвести зло, детям давались имена со значением прямо противоположным тому, что желали для них родители. В данном случае, надеясь иметь разумного и толкового мальчика, родители назвали его Непутей. Согласно другой версии, в основе прозвища Непутя лежит ненецкое слово «непутя» - «маленькая девочка». Не исключено, что так прозвали капризного ребенка, который часто плакал. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Непутя, со временем получил фамилию Непутин.