Фамилия Нерченко — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс означает «сын» или «потомок», поэтому Нерченко — это буквально «сын Нерчи». Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине в XVII–XVIII веках, когда фамилии на -енко стали массовыми у казаков и крестьян.

Основа фамилии — Нерча — неочевидна и вызывает споры. Самая вероятная версия: это производное от глагола «нерчиться» или «нерчать», которые в южнорусских и украинских говорах имели значения «ворчать», «брюзжать», «сердиться». В этом случае Нерчей могли прозвать человека с неуживчивым, ворчливым характером. Прозвища по поведению — один из самых древних и частых источников фамилий, и украинские фамилии на -енко не исключение.

Менее убедительна версия о связи с гидронимом Нерча (река в Забайкалье) или топонимом Нерчинск. Эти названия находятся далеко от основной зоны бытования фамилии — Центральной и Восточной Украины, и маловероятно, что крестьянин или казак получил бы прозвище по сибирской реке. Скорее всего, совпадение случайное, и корень фамилии — местный, диалектный.

Встречается также редкая форма Нерченко у русских, но это, как правило, результат русификации украинской фамилии, а не самостоятельное образование. В целом, фамилия Нерченко — типичная украинская фамилия-прозвище, которая говорит о характере предка, а не о его профессии или месте жительства.