Фамилия Нерюева образована от прозвища Нерюй, которое, скорее всего, ведет свое начало от топонима Нер. Так манси (малочисленный народ России) называют Уральский хребет, протянувшийся от южных степей до Северного Ледовитого океана. Слово «нер» в переводе с мансийского означает «камень», «каменный хребет». Таким образом, вполне вероятно, что основатель рода Нерюевых родился и жил в этих местах. Согласно гипотезе, прозвище имеет тюркское происхождение. Нерюем звали одного из полководцев Батыя, который в 1252 г. подавил народно-освободительное восстание в Суздальском княжестве. В таком случае оно восходит к башкирскому «нэра», марийского «нер» или мордовского «нерь», что переводится как «нос». Возможно, родоначальник фамилии выделялся размером носа. Поскольку топонимические фамилии содержали указание не только на принадлежность к конкретной семье, но и на отношение к определенному географическому объекту, то изначально они представляли собой прилагательные с различными формантами: фамилии на – ский /-цкий и –анинов /-янинов принадлежат в основном знати и дворянству; фамилии на –итов /-ичев, -инов, -цев, - яков /-аков, - ников, -ин, -ов / -ев -их /-ых.