Фамилия Несчисляева — редкий случай, где прозвище, лёгшее в основу, не просто описывает человека, а напрямую говорит о его социальном статусе. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, образованных от мирских имён или профессий, эта сразу указывает на отсутствие чего-то важного.

В основе фамилии лежит прозвище Несчисляев, которое, скорее всего, означало «не считаемый», то есть человек, которого не принимали в расчёт, не учитывали при переписи или раскладке податей. В Московской Руси XVI–XVII веков «счисляли» в первую очередь тяглое население — тех, кто нёс государственные повинности. Прозвище Несчисляев мог получить либо человек, по какой-то причине выпавший из списков (например, беглый или вольный гулящий), либо, напротив, тот, кого при переписях намеренно не записывали, чтобы не платить за него налоги.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: сын Несчисляя. Форма на -ев, а не на -ин, стандартна для основ на мягкий согласный или ц. Сама основа — глагол «счислять» (считать, вести счёт) с отрицательной частицей «не». Такой способ словообразования — отглагольное прозвище с отрицанием — встречается нечасто. Сравните с другими фамилиями того же ряда: Неупокоев (от «не упокоить»), Неклюдов (от «не клюет»), Немытов. Но если, скажем, Неупокоев — это «неспокойный», то Несчисляев — скорее «неучтённый», что наводит на мысль о документах, списках и переписях.

Поскольку фамилия происходит от прозвища, а не от крестильного имени, она указывает на личное качество или обстоятельство родоначальника. Это не дворянская фамилия в классическом понимании (в родословных книгах она не встречается), а скорее крестьянская или посадская, хотя точных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где были сильны традиции прозвищного именования.

Форма Несчисляева — женский вариант, хотя в быту часто используется как общая для обоих полов. Встречается также вариант с ударением на второй слог — Несчисля́ев, что не меняет смысла. С точки зрения современного языка фамилия звучит архаично, почти как канцелярская формула, застывшая в имени. Редкость фамилии (она почти не встречается в базах данных) подтверждает, что прозвище было не массовым, а точечным — давалось в особых случаях.