Фамилия Нештепенко звучит как украинская, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко, по распространённому определению Б. Унбегауна, указывает на «патроним» — сына человека, названного в основе. В украинской ономастике фамилии на -енко массово закрепились в XVI–XVII веках, вытесняя другие модели. Перед нами один из таких примеров.

Основа Нештеп- — самая сложная часть. Скорее всего, перед нами прозвище Нештепа, образованное от глагола «штепать» или «штепнуть». В южнорусских и украинских говорах «штепать» означало «чинить, латать», а «штепнути» — «ударить, стегнуть». Приставка не- в прозвищах часто работала как отрицание или ирония: Нештепа — либо «неумелый портной» (плохо штопает), либо, наоборот, человек, которого «не штепают» (не бьют, то есть тихоня). Есть и другая версия: «штепа» в некоторых диалектах — щепка, заноза. Тогда Нештепа — «не щепка», то есть крупный, крепкий человек.

Словообразовательная модель проста: прозвище Нештепа → Нештепенко — «сын Нештепы». Фамилия редкая, не входит в списки самых частых. Географически её носители встречаются в центральных и восточных областях Украины, реже — на юге России, куда украинские фамилии попали с переселенцами. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, образованная от бытового прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Штепа, Штепенко, Штепин) подтверждает, что корень славянский, не заимствованный. Варианта написания «Нештепенко» стоит придерживаться: через «е» после «ш», так как в украинском языке в этой позиции звук чёткий. Если встретите форму «Нештипенко» — это, скорее всего, ошибка переписи или адаптация под русское произношение.