Фамилия Нестифоров — редкий случай, где основа не славянская, а греческая, но при этом фамилия звучит совершенно по-русски благодаря суффиксу -ов. Если отбросить окончание, остаётся Нестифор — это русская народная форма канонического имени Нестор. Разница в одну букву: Нестор превратился в Нестифор под влиянием простонародного произношения. В говорах часто вставляли лишний слог или меняли звуки, чтобы имя звучало привычнее, — так Нестор «оброс» слогом -фор, созвучным греческому «носящий» (форос), хотя прямого отношения к значению имени это не имеет.

Само имя Нестор в переводе с древнегреческого означает «вернувшийся домой» или «возвращенец». В античной мифологии так звали мудрого царя Пилоса, участника Троянской войны. В православной традиции почитается Нестор Летописец, автор «Повести временных лет», поэтому имя было распространено среди духовенства и монашества. Соответственно, предок Нестифоровых мог быть либо сыном человека по имени Нестифор (в быту — Нестифорка), либо его внуком или потомком, получившим фамилию по отцу.

Фамилия преимущественно русская, встречается в центральных областях России и в Поволжье. Важная деталь: форма Нестифоров, а не Несторов, указывает на то, что имя бытовало в народной, а не книжной среде. Если бы предок был из образованного сословия или из духовенства, фамилия, скорее всего, закрепилась бы как Несторов. Нестифоров — признак крестьянской или мещанской среды, где имя упростили до более удобного для произношения варианта.

Среди однокоренных фамилий — Нестеров (самая частая форма того же имени), Несторов, Нестёркин. Нестифоров стоит особняком: в нём сохранилась архаичная диалектная черта, которая сегодня делает фамилию редкой и узнаваемой.