Фамилия Несифорова — женская форма, а её мужской вариант — Несифоров. С точки зрения происхождения это одна из тех фамилий, где за привычным русским суффиксом -ов скрывается не славянский, а греческий корень, пришедший через церковную традицию.

В основе фамилии лежит каноническое мужское имя Несифор. Это народная, упрощённая форма крестильного имени Онисифор (от греческого Onesiphoros — «приносящий пользу», «полезный»). В русском языке имя быстро утратило начальное «О» и звучало как Несифор, а в некоторых говорах — как Анисифор. Такая редукция типична для имён, которые постоянно употреблялись в быту: Онисифор превращался в Несифора, а отчество от него — в фамилию Несифоров.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Несифоров буквально означал «сын Несифора» или «из рода Несифора». Фамилия образована по самой распространённой в России модели, но её основа — имя, которое встречалось реже, чем, скажем, Иванов или Петров. Поэтому Несифоровы концентрировались в тех регионах, где имя Онисифор было в ходу: в северных и центральных губерниях, а также среди старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные варианты имён.

Встречается и вариант написания через «а» — Насифоров, что отражает акающее произношение. Но в большинстве документов и переписей закрепилась форма Несифоров. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее, к крестьянским или мещанским: её носители были либо крестьянами, либо церковнослужителями, поскольку имя Онисифор встречалось в среде духовенства.