Фамилия Нестоклон — редкая, почти наверняка книжная или семинарская, то есть искусственно созданная в духовных училищах. В России XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии с отвлечённым, назидательным смыслом: Благонравов, Милосердов, Любомудров. Нестоклон стоит в том же ряду. Основа — глагол «не стоклониться», то есть не склоняться, не гнуться, не поддаваться. В церковнославянском языке «клонитися» означало склоняться в поклоне или подчиняться. Фамилия должна была символизировать твёрдость веры, непреклонность перед соблазнами или внешним давлением.

Морфологически фамилия образована по модели «не- + основа глагола + -ов» (как Неверов, Неустроев). Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын того, кто не стоклонился». Форма «Нестоклон» — сокращённая, без возвратного «-ся», что характерно для семинарских фамилий: они часто обрубали глагольные окончания, делая основу более звучной и фамилиеподобной.

География фамилии узкая. По доступным данным, Нестоклоны встречались преимущественно в центральных губерниях России — в Тверской, Ярославской, Костромской, то есть в регионах с густой сетью духовных училищ. В крестьянской среде такая фамилия почти не встречается: крестьянам давали фамилии по прозвищам, ремёслам или отчествам, а не по добродетелям.

Спорных версий происхождения немного, и все они слабы. Можно предположить, что в основе лежит прозвище «Нестоклон» для упрямого человека, который «не клонится» ни перед кем. Но тогда фамилия должна была бы сохранить бытовую, «тёмную» форму без суффикса — просто Нестоклон, как Кривошей или Безруков. А здесь мы видим аккуратное -ов, типичное для искусственных фамилий. Кроме того, в народной речи скорее сказали бы «Неклон» или «Непоклон», а «стоклониться» — слово книжное, из богослужебного обихода.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди других семинарских: она не укладывается в стандартный перечень «ремесленных» фамилий вроде Богоявленский или Преображенский. Нестоклон — не от названия праздника или иконы, а от глагольной формулы, почти лозунга. Такие фамилии давали реже, и они лучше сохраняют след личной истории: возможно, её получил ученик, проявивший упорство в вере, или, наоборот, строптивый семинарист, которого наставники решили «закодировать» на праведный путь.