Фамилия Нетованая — редкий случай, когда прозвище застыло в форме полного прилагательного женского рода. В русской ономастике фамилии на -ая и -ий чаще встречаются у южных и восточных славян (украинские, белорусские, донские казачьи), но встречаются и у русских, особенно в северных и сибирских говорах. Такая модель образования указывает, что фамилия могла возникнуть из прозвища, которое дали женщине, или же из топонима — названия деревни или усадьбы, где жила семья.

Корень «нетован» — от слова «нетованый», то есть «непотревоженный, не тронутый, не бывавший в товаре». В старину «товарить» означало торговать, менять, пускать в оборот. Соответственно, «нетованый» человек — тот, кто не торгует, не занимается обменом, возможно, живёт натуральным хозяйством. Второй, более бытовой оттенок: «нетованый» могли назвать и вещь, которую не использовали, не носили, не пускали в дело. Прозвище могло закрепиться за человеком, который не участвовал в ярмарочной жизни, сторонился торговли или славился тем, что ничего не продаёт и не покупает.

Спорная версия — связь с прилагательным «нетов» (от «нет» — отсутствие). В диалектах «нетовой» иногда значило «бедный, ничего не имеющий». Но здесь суффикс -ан- указывает на происхождение от глагольной основы: «нетованый» — это причастие, а не прямое прилагательное от существительного. Поэтому версия с торговлей или неиспользованием надёжнее.

Географически фамилия Нетованая встречается в единичных записях, преимущественно на юге России и в казачьих областях. Это позволяет предположить, что предки носителя могли быть донскими или кубанскими казаками, где полные прилагательные в фамилиях — обычное дело. Возможно, фамилия пошла от названия хутора или речки, но точных топонимов с таким корнем в документах не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Нетов, Нетовкин, Нетоваров — то Нетованая выделяется грамматической формой. Она не даёт ответа на вопрос «чей?», а отвечает на вопрос «какой?», что характерно для прозвищ, данных по внешнему признаку или занятию. Скорее всего, первый носитель получил это прозвище в устной речи, а при переписи или в церковной книге его записали так, как слышали, — в женском роде, если прозвище относилось к женщине-хозяйке или вдове.