Фамилия Нетовканая — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не именем человека, а описанием его имущества или статуса. В ней отчётливо слышится отрицание «не» и причастие «тканный» (от «ткать»). Прямое значение — «нетканая», то есть несотканная, не изготовленная на ткацком станке. Но прозвищем так могли назвать не человека, а, например, его вещь или хозяйство.

Самая правдоподобная версия ведёт к прозвищу, которое давали крестьянину, у которого в хозяйстве не было тканого добра — одежды, холстов, полотенец. В старину ткачество было домашним занятием почти в каждой семье, и отсутствие домотканины говорило о крайней бедности или о том, что хозяин не держал скота для шерсти и не сеял лён. Так и говорили: «У него всё нетовканое». Прозвище Нетовканый или Нетовканая закреплялось за человеком как социальная метка — «бедняк», «голыш», «недомотканный».

По словообразовательной модели фамилия относится к редкому типу на -ая. Такие фамилии (например, Кривая, Босая, Рыжая) обычно возникали из прозвищ, которые в документах фиксировались в женском роде, а затем переходили на потомков без изменения окончания. В русском ономастиконе это характерно для южнорусских и западнорусских говоров, особенно для регионов, где было сильно влияние украинской или белорусской традиции называть женщину по признаку, а затем передавать фамилию по материнской линии. Встретить Нетовканую можно в Брянской, Смоленской, Псковской областях и в прилегающих районах Беларуси.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает эту версию. Тканый, Ткачёв, Ткаченко — от ремесла, а Нетовканый — от его отсутствия. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования с отрицанием «не» разбираются на примере Нестеров (от Нестер — нестёртый), Непейвода. Фамилия Нетовканая стоит в том же ряду: она не описывает занятие, а даёт социальную характеристику через бытовую деталь. Вторая, менее вероятная версия — что прозвище относилось к конкретному предмету, например к нетканой накидке или попоне, которую хозяин почему-то не мог сделать. Но в таком случае прозвище было бы единичным и вряд ли закрепилось как фамилия.

Фамилия не имеет аристократического происхождения: её носители — потомки крестьян или ремесленников, чьё прозвище записал переписчик. Встречается она крайне редко, и сегодня её носители, скорее всего, живут в тех же областях, где прозвище давали по хозяйственному достатку.