Фамилия Неупокоев происходит от мирского имени Неупокой — так в старину называли ребенка, который не давал родителям покоя: крикливого, капризного, чересчур подвижного. Впрочем, имя могли дать и взрослому, если он «не давал покоя» себе самому — был неутомимым в труде, вечно в деле. В основе фамилии лежит не церковное, а бытовое, охранительное имя, каких было много в допетровской Руси: считалось, что такое имя отведет от ребенка злые силы, которые якобы не позарятся на «беспокойного».

Имя Неупокой зафиксировано в документах XVI–XVII веков: Неупокой Елошин, крестьянин Суздальского уезда, 1579 год; Неупокойко Михайлов, крестьянин Московского уезда, 1586 год; Неупокой Иванов, сын Тверков, землевладелец в Кашинском уезде, 1589 год. Форма «Неупокойко» в записи 1586 года — типичный уменьшительный вариант, от которого позже могли образоваться и фамилии на -ов. Потомки человека по имени Неупокой со временем стали писаться Неупокоевыми: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть буквально «сын Неупокоя».

Интересно, что фамилия не осталась только в центральных уездах. В Книге памяти Пермской области упоминается Неупокоев Александр Михайлович, родившийся в 1912 году в деревне Неупокоевка Талицкого района Уральской области. Само название деревни — еще одно подтверждение того, что род был здесь заметным и оставил след в топонимике. А среди известных носителей — Александр Романович Неупокоев (1806 года рождения), горный инженер ведомства Екатеринбургских золотых промыслов, внесший вклад в развитие уральской горнорудной промышленности. Так фамилия, начавшись с прозвища беспокойного человека, оказалась связана с уральской инженерной школой XIX века.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — фамилии на Руси складывались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и один и тот же корень мог независимо дать начало роду в разных уездах. Но сам тип фамилии — от мирского имени через притяжательный суффикс — один из самых распространенных в русской ономастике. Неупокоевы в этом ряду не исключение, а скорее яркий пример того, как личное прозвище, данное по характеру, переросло в семейное имя и дожило до наших дней.