Фамилия Нежеборец — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную экспрессивную форму. Её основа — не «неже» (такого слова в русском языке нет), а усечённое «нежели» (старославянское «чем»), которое в соединении с корнем «бор» даёт значение «нежели борец» — то есть «не борец», «не воин». Скорее всего, так в древнерусских землях могли прозвать человека мирного нрава, избегающего драк и распрей, или того, кто по каким-то причинам не годился для ратного дела.

Суффикс -ец типичен для прозвищ, обозначающих лицо по характерному признаку или роду занятий (ср. «купец», «ловец», «храбрец»). В случае с Нежеборцем суффикс лишь оформляет прозвище в существительное, не меняя его смысла. Фамилии на -ец обычно встречаются в украинской и белорусской традиции, что указывает на возможное происхождение рода с западнорусских или южнорусских территорий. В великорусских говорах такое прозвище скорее превратилось бы в Нежеборов или Нежеборский.

В ономастической литературе фамилия не описана подробно — она слишком редкая. Но по аналогии с другими фамилиями на -ец (например, Борец, Драчливец) можно предположить, что прозвище Нежеборец давали не в насмешку, а как констатацию: человек не лезет в драку, уклоняется от конфликтов. В крестьянской среде, где сила и бойкость ценились, такое прозвище могло быть нейтральным или слегка ироничным, но не унизительным.

Необычность фамилии ещё и в том, что она отрицательная по смыслу: «не борец». Большинство фамилий образованы от положительных или нейтральных качеств. Нежеборец — исключение, которое подчёркивает, что прозвища на Руси давали не только за заслуги, но и за отсутствие типичных черт.