Фамилия Нежорошев — редкий случай, когда отрицательная частица «не» срослась с корнем ещё на стадии прозвища, а не была приставкой, добавленной позже. В основе лежит прилагательное «нехороший» в его старшем, диалектном значении — не просто «плохой», а «некрасивый», «неказистый», «неприглядный». В говорах северных и центральных губерний слово «хороший» долго сохраняло прямой смысл «красивый, статный» (ср. «хороша собой»), поэтому «нехороший» означало в первую очередь «некрасивый лицом», а не «дурной характером». Прозвище Нехорош (или Нехорошей) давали человеку с неброской внешностью, без осуждения его нравственных качеств.

Фамилия образована по стандартной модели на -ев от прозвища Нехорош (с чередованием ш/ш, так как основа на шипящий даёт -ев, а не -ов). Со временем написание закрепилось через «ж» — Нежорошев, под влиянием произношения: в безударной позиции «х» перед звонким «о» озвончился в «ж». В документах XIX века встречаются варианты Нехорошев, Нехорошов и Нежорошев, но последний стал основным, возможно, из-за того, что «Нехорошев» читался слишком прозрачно и казался обидным.

Интересно, что фамилия Нежорошев почти не встречается в центральных областях России, зато локально сосредоточена в Поволжье и Приуралье — в бывших Симбирской, Казанской и Пермской губерниях. Это указывает на то, что прозвище Нехорош бытовало в среде крестьян-старообрядцев, которые переселялись на восток в XVII–XVIII веках. Там, вдали от столичной нормы, и закрепилось необычное произношение с «ж».

Родственных фамилий с тем же корнем, но с разными суффиксами, почти нет: Хорошев — распространён, а Нехорошев встречается редко. Нежорошев стоит особняком: он не только указывает на внешность предка, но и хранит следы живой диалектной фонетики, которую вытеснил литературный язык.